7 Mart 1990'da işine gitmek üzere İstanbul Suadiye'deki evinden çıktığı sırada şoförü Sinan Ercan'la birlikte öldürüldü. 38 yıllık gazeteci olan Emeç, Hürriyet Gazetesi yönetim kurulu üyesi ve yazarıydı. Çetin Emeç, Gazeteciler Cemiyeti, Uluslararası Basın Enstitüsü ile Uluslararası Gazetecilik Basın Enstitüleri Federasyonu üyesiydi.
Çetin Emeç'in ölümünün ardından, Sadun Tanju, "Çetin Emeç-Bir Basın Şehidinin Anatomisi" adlı bir kitap yazmış ve söz konusu kitap 1992 yılında yayımlanmıştır.
Ayrıca, Çetin Emeç'in ölümünün 15. yılında Doğan Kitap, "Çetin Emeç-Genel Yayın Yönetmeni 1935-1990" adlı bir kitap hazırlamış ve yayımlamıştır. Kitapta, Çetin Emeç'in kızı piyanist Mehveş Emeç'in (Birol) babası için yazıp bestelediği ve sanatçı Yavuz Bingöl'ün seslendirdiği "Reverie -Uzak Bir Rüya" adlı şarkının CD'si de yer almıştır.
Kabri, Zincirlikuyu Mezarlığı'ndadır. Çetin Emeç'in adı, İstanbul Bayrampaşa'da bir stada, Kadıköy Suadiye'de Antalya Manavgat'ta ve Ankara Çankaya'da bulvarlara, Ümraniye Dudullu, Tekirdağ Çorlu, Aydın Kuşadası ve Tunceli'de çeşitli caddelere, İzmir Büyükşehir Belediyesinde bir salona ve ayrıca sergi binasına verilmiştir. Emeç, son olarak ölümünün 20. yılı olan 20 Mart 2010 tarihinde Zincirlikuyu Mezarlığı'nda kabri başında anılmış, törende Hürriyet gazetesi genel yayın yönetmeni Enis Berberoğlu, "Her ne saikle (sebeple) öldürülürse öldürülsünler, hangi karanlık amaca hizmet etmek amacıyla bu işi yaparlarsa yapsınlar şunu biliyorum ki Çetin Emeç'in, daha doğrusu gazetecinin işi bitmiyor, gazetecinin arkasında bıraktığı bayrağı biri mutlaka alıyor. Bir yere taşıyor" demiştir.